Oyun 2047 yılında geçiyor. Prophet bir kez daha New York'a ayak basıyor. İkinci oyundaki farkıysa bu sefer NY Cell Corporation'ın yaptığı nano kubbe içine hapsolmuş durumda. Böylece NY ile yağmur ormanları iç içe girmiş bulunuyor. Dev sarmaşıklar, bataklıklar, dev ağaçlar derken kendimizi tam bir jungle'ın ortasında bulacağız. Bu kubbe altındaysa yedi harika diye adlandırılan yedi ölümcü bölge bulunuyor. Biz, yani Prophet bunları tek tek aşarak hem hayatta kalmaya çalışacak hem de Cell Corporation'ın bu inşasını anlayacak ve mümkünse ortadan kaldırmaya çalışacak. Bunun için de teknolojisi uzaylılardan alınmış bir ok gibi pek çok über teknolojik silah kullanacak.
Crytek ayrıca Crysis 3 Hunter Edition adını alan ön sipariş sürümünü de duyurdu. Bu sürümü alanlar yaya ve eklentilerine daha erken ulaşabilecek ve güçlü Hunter Nanosuit modülüne sahip olacak. Oyuncular multiplayer'da da beşinci seviyeye kadar XP boost'tan yararlanacak.
Yayınlanan görüntüler ise şöyle:
